Nieraz powstaje pytanie: farmakoterapia czy psychoterapia? Najistotniejszym stwierdzeniem, które poprzedza odpowiedź na to pytanie jest to, że nie są to metody alternatywne, pomiędzy którymi można dowolnie wybierać, ale sposoby pomocy, które mają właściwe sobie, osobne wskazania. Wybór między psychoterapią a farmakoterapią nie może opierać się na osobistych preferencjach czy sympatiach, ale wynikać z tego, który rodzaj pomocy jest wskazany u konkretnej osoby i ma szansę być skuteczny.
W wypadku wyraźnego nasilenia objawów depresji, szczególnie przy występowaniu tzw. objawów somatycznych (melancholicznych) depresji właściwie nie ma wyboru: szybko powinno zostać wdrożone leczenie farmakologiczne. W większości wypadków zapewnia ono skuteczną i względnie szybką pomoc.
Psychoterapia bywa natomiast sposobem pomocy dla osób z depresją, ale tych, które mają konkretne problemy z życiowym funkcjonowaniem i osobistym rozwojem związane z typem osobowości czy utartymi schematami myślenia i reagowania. Badania wykazały, że łączenie farmakoterapii przeciwdepresyjnej z psychoterapią zapewnia u tych osób lepsze odległe wyniki leczenia. Psychoterapia nie powinna być więc uważana za sposób pomocy, który zastępuje farmakoterapię, podobnie zresztą odwrotnie.
Przy nawracaniu zespołów depresyjnych, jak też w wieku powyżej 50 r. ż, wskazane jest długotrwałe przyjmowanie leków przeciwdepresyjnych jako profilaktyka kolejnego nawrotu. Bywa, że niektóre osoby z depresją muszą przyjmować leki przeciwdepresyjne przewlekle, bezterminowo, z czym wiążą się realne zdrowotne korzyści.